《禅真后史》较早的刻本有明崇祯年间峥霄馆刊本、钱塘金衙梓行本。清初又有覆明刻本,后又有同治年间重刻等多种版本。其中有60回本,有53回本,有目录为53回而正文为60回本。53回本是删略原60回本中第49回至55回而成者。此本是以明刊60回本为依据,参考北京图书馆藏本。删节涉及僧尼淫邪丑行的情节。小说接《禅真逸史》,写云薛举在卢溪州托生为瞿琰,被林澹然转世而成的老僧上门化缘后带走,授以各种本领以便护国救民。后因立功而被封为东部司理,继续仗义行侠,救民疾苦。后吞服老僧所赐的四粒金丸,乃大彻大悟,白日飞升而去。
全称《新镌批评出像通俗演义禅真后史》,题“清溪道人编次”、“冲和居士评校”。清溪道人即明末方汝浩(详本《古本小说集成》《禅真逸史》之提要),冲和居士无考。卷首有崇祯己巳(二年,1629)翠娱阁主人(杭州陆云龙)序文及〈禅真后史源流〉一文。据孙楷第《中国通俗小说书目》,此书有明峥霄馆刊本,藏日本日光山慈眼堂。另有明末“钱塘金衙梓”本,藏北京、上海、辽宁、浙江等地图书馆。此外,尚有清末删节本,删去原书第49至55回。
《禅真后史》是《禅真逸史》的续书。《后史》写唐贞末年,上帝为扫除人间暴乱,殄灭妖氛,令已成仙的薛举下凡,降生为人,名瞿琰。瞿琰经仙僧指点,通五经,精武艺。年长后诛异僧、服生番、剿邪魔、败权奸、灭毒疫、赈饥荒、除孽鳄,利物济世,屡立奇勋,历任司理、侍中、大理寺少卿、兵部左侍郎。后随仙僧林澹然修炼,驾云升天。《禅真后史》与《禅真逸史》二书在叙事时间上有联系,部分人物先后承接。但其主要的联系还是在于思想内容方面。清代翻刻的53回本虽为洁本,便于流传,但它将原本中体现“禅真”精神的色戒,以及对封建社会不合理婚姻制度的形象性批判全部删除,有损作者原意。