这首诗描绘了飞来寺秋日傍晚的宁静与神秘氛围。首句“古寺秋声隐暮蝉”，以“古寺”为背景，秋日的寂静与黄昏的蝉鸣交织，营造出一种深沉而略带寂寥的意境。接着，“飞来漫说此江边”，似乎在说寺外的江边并非真正的归宿，暗含着对世事无常的感慨。

“云门瑞蔼烧丹地，石室灵湫卓锡泉”两句，将视线转向寺内，云门之上弥漫着祥瑞之气，丹炉在烧，暗示着修行的神圣；石室之中，清澈的泉水从卓锡泉中涌出，象征着清心寡欲的生活方式。这两句通过自然景观的描写，展现了寺庙的庄严与超脱。

“双树晓深留独鹤，空香夜静下群仙”则进一步描绘了寺内的宁静与神秘。清晨时分，两棵古树下停留着一只孤独的鹤，它似乎在品味着这清幽的环境；夜晚，空气中弥漫着淡淡的香气，仿佛群仙在此聚会，增添了诗作的浪漫色彩。

最后，“忽惊雷雨苍山动，未许蛟龙紫洞眠”两句，笔锋一转，描绘了一场突如其来的雷雨，山川为之震动，蛟龙无法在紫色的洞穴中安眠。这一转折不仅增加了诗作的动态感，也寓意着自然界的力量与变化，以及人与自然之间的微妙关系。

整体而言，这首诗通过细腻的景物描写和丰富的象征手法，展现了飞来寺独特的魅力，以及诗人对自然、宗教与生活的深刻感悟。