此诗描绘了文山山上指南宫的独特景致与氛围。开篇“文山山上指南宫，不与寻常佛寺同”便点明了地点与非凡之处，暗示此地非比寻常，有着与众不同的魅力。接着，“壁峭峰高云路近，林深树密石门通”两句，通过生动的自然景观描写，展现了指南宫周围环境的壮丽与神秘，云雾缭绕的山壁、高耸入云的山峰、幽深繁茂的森林以及通往深处的石门，构成了一幅引人入胜的画面。

“晨清鸟语喧庭外，日暮蝉声杂院中”则进一步描绘了时间流转中的动态美，清晨时分，鸟鸣声声，为宁静的庭院增添了几分生机；傍晚时分，蝉鸣交织，院中充满了和谐与宁静。这两句不仅展现了时间的更迭，也暗示了此处环境的宜人与和谐。

最后，“我到蓬莱经两度，俨然如遇活仙翁”以个人体验收尾，表达了诗人对指南宫独特魅力的深刻感受。两次到访，仿佛遇见了活生生的仙翁，既是对指南宫超凡脱俗之美的赞叹，也是对内心深处向往与追求的体现。

整体而言，这首诗通过细腻的笔触和丰富的意象，成功地将文山山上指南宫的自然美景与人文气息融为一体，不仅展现了其独特的地理风貌，也传达了诗人对美好事物的深切感悟和向往。