对人和生物有害的微生物、寄生虫等病原体和变应原等污染水、气、土壤和食品,影响生物产量和质量,危害人类健康，这种污染称为生物污染。

 水、气、土壤和食品中的有害生物主要来源于生活污水、医院污水、屠宰、食品加工厂污水、未经无害化处理的垃圾和人畜粪便，以及大气中的飘浮物和气溶胶。其中主要含有危害人与动物消化系统和呼吸系统的病原菌、寄生虫，引起创伤和烧伤等继发性感染的溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌等，以及可引起呼吸道、肠道和皮肤病变的花粉、毛虫毒毛、真菌孢子等大气变应原。这些有害生物对人和生物的危害程度主要取决于微生物和寄生虫的病原性、人和生物的感受性以及环境条件三个因素。

空气中的微生物多数是借助土壤以及人和生物体传播,或借助大气飘浮物和水滴传播。飘浮物以及病人、病畜等的喷嚏、咳嗽等排泄物和分泌物所携带的微生物中，常见的有杆菌(如无色杆菌、芽孢杆菌)、球菌(如细球菌、八叠球菌)、霉菌、酵母菌和放线菌等腐生性微生物(见大气生物污染)。地面的微生物、大气中飘浮的微生物均可进入水中而污染水体。河川、湖泊淡水中微生物的数量一般取决于季节、降雨量和流入水量。邻近城镇的水体，含有害微生物和寄生虫卵较多。地下水如井水、泉水，埋藏愈深，微生物愈少。受污染的水体可带有伤寒、痢疾、结核杆菌和大肠杆菌，还有螺旋体和病毒。水体中的寄生虫有血吸虫(卵和毛蚴)、痢疾变形虫、线虫、贾第虫以及一些有害昆虫如蚊、蚋、舌蝇等的幼虫。海水中病原菌比淡水少，但海滨、港口因接纳污水，也常含有病原菌(见水体生物污染)。水生生物中常带有致病菌。鱼的受污染部位主要是口腔、鳃、胃、肠及排泄腔等。贝类中与病原菌关系密切的是牡蛎，它可传播伤寒。土壤中分布最广的是肠道致病性原虫和蠕虫类，有的寄生在动、植物体内，有的通过土壤穿透皮肤进入人体，有的病毒也可通过土壤使人感染。有些微生物如结核杆菌，可在干燥细小的土壤颗粒中生存很长时间，以后随风进入空气，再被人畜吸入而引起感染。土壤的生物污染不仅可引起人畜疾病，还能使农业生产遭受严重损失(见土壤生物污染)。

有害微生物和寄生虫或卵污染食品，可使食品腐败或产生毒素，使人食后中毒，或使人患寄生虫病。饲料受霉菌如黄曲霉的毒素污染，可使鱼和哺乳动物诱发原发性肝癌。玉米、花生、稻米、小麦、高粱、小米等都会受到黄曲霉毒素的污染。在食品中繁殖产生毒素的有肉毒杆菌和葡萄球菌，还有使胃肠道发生急性炎症的肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌和猪霍乱沙门氏菌等。含有炭疽杆菌的肉食品，人食用后也会得病(见食品生物污染)。

各种病原微生物在水中存活的时间各不相同，并与水质、水温、pH值等因素有关。如沙门氏菌在水温较低和水中营养物较多时存活时间较长;志贺氏菌在清洁水中较在污水中存活时间长;霍乱弧菌在杂菌多的水中存活时间较短，水的pH值在5.6以下时,即不能生存;病毒一般在水温较低的条件下存活时间较长。微生物在空气中的生长和繁殖，同空气湿度、温度和光线等因素有关。在空气中生存时间较长的是一些有孢子或芽孢的微生物。土壤中病原虫和寄生虫的生存时间则与土质、水分、温度、pH值，以及有无某些寄生物的中间宿主等因素有关。食品则由于种类繁多，性质各异，在一定的外界条件下，适于一定的微生物生存。

水体受氮、磷等物质污染，引起藻类及其他水生生物大量繁殖而产生的富营养化，也是水体生物污染的一种现象。

防止生物污染必须采取综合防治措施。要严格控制污染源;加强对病原生物在环境中传布途径的研究，以便采取适当的方法(物理的、化学的或生物的)进行防治;还要注意工业的合理布局以及生产过程的消毒和检验措施(如植物种子的消毒浸种、拌种、有机肥料的无害化处理、食品生产的严格卫生检验等)。