这首诗描绘了诗人夜晚在清远飞来寺的所见所感，充满了自然之美与禅意。首句“三经江上寺，此度扣仙灵”以“三经”暗喻三次造访，表达了对这座江边寺庙的深厚情感和崇敬之情。接着，“一水中分绿，两崖相对青”两句，运用对比手法，描绘了一幅山水相映的美丽画卷，绿波与青山形成鲜明对比，展现了大自然的和谐与壮丽。

“乌栖山瘴暝，水落露华零”则转向对夜晚景象的描绘，乌鸦归巢于山中，瘴气弥漫，夜色深沉，水位下降，露珠散落，营造出一种静谧而略带神秘的氛围。最后，“夜色犹堪恋，猿啼不忍听”表达了诗人对夜晚美景的留恋，以及听到猿啼时内心的不忍，既体现了对自然之美的欣赏，也流露出淡淡的哀愁。

整体而言，这首诗通过细腻的笔触，展现了诗人对自然景观的深刻感受和内心世界的细腻描绘，既有对美的赞叹，也有对自然之物的深切同情，是一首富有哲思和情感深度的作品。