这首诗描绘了秋天菜园中野花与蔬菜的生机勃勃景象，以及诗人对自然之美的感慨与自省。

首联“野花青青半顷畴，蝶蜂何故傍人游。”以“野花青青”描绘出一片生机盎然的田园风光，蝴蝶蜜蜂围绕着花丛翩翩起舞，似乎在享受这宁静而美好的时光。这里运用了拟人的手法，赋予蝴蝶蜜蜂以情感，增加了画面的生动性和趣味性。

颔联“元都净尽千年恨，老圃清香一味秋。”转而表达对历史的反思与对自然之美的赞美。元都（古代都城）的千年往事已成过往云烟，唯有秋天的老圃中散发出的清香，让人感受到一种永恒的宁静与美好。这里的“净尽”不仅指时间的流逝，也暗示了历史的沉淀与遗忘，而“一味秋”则强调了秋天特有的韵味和情感。

颈联“嫩叶安排青玉案，新茎抽出白芽筹。”进一步描绘了菜园中的景象，嫩叶如同青玉般晶莹剔透，新长的茎干上抽出白色的芽苗，充满了生命力与希望。这一联通过细腻的观察，展现了自然界的生长过程，同时也寓意着新生与成长的力量。

尾联“咬根惟愿汝知味，百事如今愧未酬。”表达了诗人对自然之美的欣赏与渴望深入理解的情感，同时也流露出一种自我反省的态度。诗人希望人们能够品尝到自然界的真味，同时反思自己在生活中的种种遗憾与未完成之事。这一联既有对自然的赞美，也有对个人生活的思考，体现了诗人深厚的人文关怀。

整体而言，这首诗通过对自然景观的细腻描绘，表达了诗人对自然之美的热爱与对生活的深刻思考，展现了明代文人对自然与人生的独特感悟。