这首诗描绘了石室山三仙观的神秘与壮丽，充满了道家仙术与自然景观的融合之美。首联“双源仙路讵应违，天柱丹函迹未稀”以疑问的语气表达了对通往仙境之路的探索与追求，同时暗示着仙人留下的痕迹依然清晰可见，引人遐想。颔联“海上报书三鸟至，洞中衔烛一龙归”运用了生动的意象，海上的三鸟带来信件，洞中的神龙携带烛光归来，既展现了仙界的奇妙景象，也寓意着信息的传递与神秘力量的存在。

颈联“云穿曲磴苔常湿，风入悬房栋欲飞”则将视角转向了观内的自然环境，云雾穿行于曲折的石阶之上，苔藓湿润，仿佛与外界的联系紧密；而风吹入悬空的房屋，似乎让屋顶都有欲飞之感，营造出一种超凡脱俗、飘渺空灵的氛围。尾联“顿觉羽翰生白日，山阿空笑薜萝衣”以夸张的手法，表达了在观内所感受到的超自然体验，仿佛在白昼之中长出了翅膀，与山间的薜萝衣（一种植物）形成了对比，暗示了个人精神境界的提升与超越。

整体而言，这首诗通过丰富的想象和生动的描写，构建了一个充满神秘色彩的仙人居所，不仅展现了自然景观的壮美，更蕴含了对超凡脱俗生活的向往与追求，体现了明代文人对于道家思想的深刻理解和艺术表达。