这首诗描绘了清晨游破山寺的所见所感，充满了自然与禅意的融合。开篇“出郭晨气清，鸟声杂悲喜”以清新之气和鸟鸣声开始，暗示了一天的开始，同时也预示着自然界的复杂情感。接着“初日明高林，山在绿阴底”描绘了阳光透过树林，山色隐于绿荫之中的景象，营造出一种宁静而神秘的氛围。

“何处觅禅关，潭空竹烟起”则引出了对禅宗精神的探索，潭水的空灵与竹烟的升起，象征着内心的平静与超脱。接下来“郁郁松禅翁，放逐曾经此”通过描述松树下的禅者，暗示了历史人物的过往，以及他们与自然的和谐共处。

“寺僧索题额，留作藏山纸”展现了寺庙文化的一部分，题字留念，成为历史的见证。最后，“神味在青冥，泼墨皆云水”表达了诗人对艺术与自然之间关系的理解，认为艺术如同云水般自由流动，蕴含着深远的意境。

整首诗通过细腻的自然描写和对禅宗、艺术的思考，展现了诗人对生活、自然、历史和艺术的深刻感悟，体现了清末近现代初文人对于精神世界和宇宙真理的追求。