这首诗描绘了一幅宁静而神秘的寺庙景象。首联“寺忆清溪绕，舟移曲岸分”，诗人回忆起清溪潺潺流经寺旁，小舟轻摇，沿着弯曲的河岸前行，展现了环境的幽静和诗人与友人离别的场景。

颔联“塔昏飞雨怪，殿黑隐雷文”则转而描绘了雨中寺庙的奇特景象，塔影在雨中显得昏暗，仿佛隐藏着神秘的雷电纹理，营造出一种神秘而深沉的气氛。

颈联“锡挂秋房冷，香浮夕帐熏”进一步刻画了僧人的生活，秋日僧房寂静，僧人的锡杖悬挂在冷寂的室内，傍晚的香烟袅袅，给孤寂的空间带来一丝暖意。

尾联“藓庭閒望过，碧鹤下晴云”以闲适的视角收束，诗人站在长满青苔的庭院中远望，一只碧绿的鹤从晴朗的云层中降落，增添了宁静的画面，也寓含了对友人归宿的祝福。

整体来看，这首诗通过细腻的笔触，描绘了仙潭寺的自然景色和僧人的生活状态，表达了诗人对友人的深深眷恋和对禅寺生活的向往。