这首诗描绘了山中寺庙与自然和谐共存的宁静景象。首句“云拥招提自一家”，以云拥山寺起笔，营造出一种超凡脱俗的氛围，暗示寺庙与自然融为一体，自成一格。次句“僧前百鸟正衔花”，通过描绘僧人面前百鸟忙碌衔花的情景，展现了山中生机勃勃的自然生态，同时也寓意着僧人与自然界的和谐相处。

后两句“长官不怕惊飞去，犹向山头放晚衙”，则进一步深化了主题。这里“长官”可能指的是山中或附近村庄的管理者，他并不害怕惊扰到山中的鸟儿，反而在傍晚时分继续处理公务，可见他对自然的尊重和爱护。这种行为不仅体现了对自然界的敬畏之心，也反映了人与自然和谐共处的美好愿景。

整体而言，这首诗通过细腻的描绘，展现了山中寺庙与自然环境的和谐共生，以及人类对自然的尊重与爱护，传递出一种宁静、和谐、美好的生活态度和价值观。