这首诗描绘了一幅宁静而富有诗意的画面，以湖上的清溪和溪边的山亭为背景，展现了自然与人文的和谐交融。首句“湖上清溪溪上山”以流水绕山的动态景象开篇，给人以清新之感。山亭的构造巧妙地融入山水之间，仿佛是大自然的一部分，"结构俯人寰"表达了其高处俯瞰人间的意境。

接下来的两句，“窗中树色宜晴雨，门外滩声自往还”，通过窗内窗外的对比，展现出无论晴雨天气，山亭内外景色都各有韵味。窗外的滩声起伏，如同自然的乐章，增添了生活的节奏感。诗人借“炼药井寒玄鹤逝，采莲舟去碧波闲”描绘了宗上人的生活状态，暗示其超脱尘世，追求静谧与自然的修行生活。

最后两句，“春兰秋桂年年好，憔悴风尘漫厚颜”，诗人感慨时光流转，尽管世事沧桑，但山亭周围四季如春的兰花和秋桂依然美好，象征着内心的宁静与坚韧。而“憔悴风尘漫厚颜”则流露出对世俗纷扰的淡然态度，显示了宗上人不为外物所累的高尚情操。

总的来说，刘基的《宗上人溪山亭》是一首寓言式的山水诗，既赞美了自然之美，也寄寓了对隐逸生活的向往和对世事变迁的深沉思考。